宝生殿の目の前には、紅枝垂桜、鳥獣の石庭があり、東山連峰を望む借景式山水庭園が広がっています。

境内全体で六百トンに及ぶといわれる全国から集められた巨岩や名石があることが由来し、通称「石の寺」と呼ばれています。

庭園「宝生苑」は音羽山、千頭岳、稲荷山、醍醐山などの東山連峰を望む借景式山水庭園で、中央には紅枝垂桜があります。庭石の形が、ぞう、ふくろう、しし、かえる、うさぎ、かめなど十六種の動物の形に似ていることから「鳥獣の石庭」とも呼ばれています。